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等離子拋光機在作業過程中、是要靠電來將拋光鹽溶液離化發生等離子、等離子下電場下轟擊產品外表、構成端放電、一起伴有化學微腐蝕，物理化學雙作用發生的拋光效果。在微觀下是要靠電將原來穩定的資料原子核周圍的電子通過電場脫離原子核的束縛、構成活躍的離子。此等一切的能量都需要電來供給、并且等離子的發生還需要很高的電場才可以發生。
等離子拋光機操作的關鍵是要設法得到更大的拋光速率，以便盡快除去磨光時產生的損傷層。同時也要使拋光損傷層不會影響最終觀察到的組織，即不會造成假組織。前者要求使用較粗的磨料，以保證有較大的拋光速率來去除磨光的損傷層，但拋光損傷層也較深；后者要求使用最細的材料，等離子拋光機使拋光損傷層較淺，但拋光速率低。
解決這個矛盾的更好的辦法就是把拋光分為兩個階段進行。粗拋目的是去除磨光損傷層，這一階段應具有更大的拋光速率，粗拋形成的表層損傷是次要的考慮，不過也應當盡可能小；其次是精拋(或稱終拋)，其目的是去除粗拋產生的表層損傷，使拋光損傷減到最小。
